Для произведения редактуры, добавления файлов и их удаления в общем имеется 2 варианта - это основной сайт и панель Pterodactyl данный выбор производится на ваш вкус, но в данной инструкции будет описано оба варианта (несмотря на их схожесть).
Зайдите в панель Pterodactyl, выберите свой сервер и нажмите на кнопку “файлы”
Для загрузки файла будет достаточно перетянуть файл, либо нажать на кнопку загрузить и выбрать со своего компьютера необходимый файл;
В случае с редактурой произведите клик на необходимый файл;
Создание файла производится по кнопке в правом верхнем углу и после задания его содержимого можно будет задать его название;
Для удаления и архивирования нажмите на кнопку справа от файла и выберите необходимое вам действие.
В целом зачастую в панели Pterodactyl несмотря на схожесть получается работать значительно удобней чем в случае работы через основной сайт, однако вероятнее всего данная ситуация в дальнейшем будет исправлена и приближена к интерфейсу второго сайта дабы не приходилось вечно прыгать между ними.